代表著作有《近現代史のなかの日本と中国(合著)》(1992)、《前近代日本對外方針之研究》(1998)、《Island in the Stream ~ A Quick Case Study of Taiwan’s Complex History(合著)》(2000)、《台北縣史料彙編~淡水篇》(2001)、《台灣史(合著)》(2003)、《樺山資紀蘇澳行》(2004)、《近代國家的摸索與覺醒~日本與台灣文明開化的進程》(2005)、《近代台灣的醫療衛生~從「安平追想曲」到「國家衛生原理」(莎士比亞版)》(2006)、《牡丹社事件的真相》(2006) 、《日本史》(2008、《皇民化社會的時代(五南版)》(2010)、《水野遵—一個台灣未來的擘畫者》(2011)、《台灣涉外關係史概說》(2015))、《19世紀強權競逐下的臺灣》(2019)、《知識人的時代使命》(2020)等。